Als siebentes von elf Kindern kam Johann Baptist Spix am 9. Februar 1781 im Höchstadter Anwesen „Badgasse 7“ zur Welt. Im Jahr 1793 wurde er in das Aufsees`sche Studienseminar, Bamberg, aufgenommen. Nach acht Jahren erwarb er den akademischen Grad des „Doktor der Philosphie“.

Im selben Jahr, 1801, wechselte Spix zur Aufnahme eines Theologiestudiums ins fürstbischöfliche Klerikalseminar Würzburg. Bereits zwei Jahre später orientierte er sich neu und begann an der naturwissenschaftlichen Fakultät ein Medizinstudium. Dieses schloss er 1806 als „Doktor der Medizin“ ab, bevor er eine Stelle als Assistenzarzt in Bamberg antrat.

Zur Vertiefung seiner naturwissenschaftlichen Komptenzen absolvierte Spix einen Studienaufenthalt in Paris, bevor er 1810 als Adjunkt der mathematisch-physikalischen Abteilung an die Königliche Akademie der Wissenschaften nach München wechselte. Am 24. April 1811 wurde er schließlich zum ersten Konservator der zoologisch-zootomischen Sammlung ernannt. Zwei Jahre später erfolgte die Aufnahme in die Königlich
Bayerische Akademie der Wissenschaften.

Neben seiner Forschungsreise in Brasilien wurde Spix durch zahlreiche wissenschaftliche Publikationen bekannt. Seine erste bedeutsame Veröffentlichung trug den Titel „Geschichte und Beurtheilung aller Systeme in der Zoologie nach ihrer Entwicklungsfolge von Aristoteles bis auf die gegenwärtige Zeit“ (1811).